首先要明确的是，农村一些长期占用的建设用地，实际上并未办理农用地转用手续，规划许可手续以及登记手续，虽然“二调”、“三调”或年度变更调查时被调查为建设用地，但属于无合法来源的建设用地，本质上是违法违规用地。
由于各种复杂的原因，多年来，各地普遍存在一些存量违法用地，也称历史遗留问题，而且量大面广。之所以存在大量历史形成的违法用地，主要是各地出于各种原因，一直没拆除（或没收），也没补办用地手续，有的可能罚了点款，就那么占着用着，但一直在账上挂着。没有合法用地手续，还能长期占有使用，也有的私下转让，看似占了便宜，但不能办理土地抵押，不能正常进入土地二级市场，容易产生产权纠纷，如果翻新翻建，会被认定为新增违法用地，面临拆除的风险。尤其是允许集体经营性集体用地入市后，没有合法用地手续的，会被排斥在公开市场之外。
对违法用地的处理，主要有三种方式，一是对不符合规划的拆除，二是对符合规划的可以补办用地手续，三是对特殊情形拆不了也补不了的，可以暂时停留。农村地区补办用地手续，主要是办理农用地转用手续，一般不用征收，也就是只转不征，另外就是涉及确权登记，针对不同时期，国家已出台了一些政策规定，各地也有一些具体政策。
重要提醒：对违反生态保护红线管控要求建房、城镇居民非法购买宅基地、小产权房等，不得办理登记，不得通过登记将违法用地合法化。
2022年9月23日，自然资源部印发的《自然资源违法行为立案查处工作规程（试行）》4.3.3 部分提出：承办人员应当在证据认定和事实认定的基础上，严格依照法律法规的规定，综合考虑历史遗留建筑物处置等有关文件要求，提出处理建议。
这也就是说，过去盖的房子，虽然用地不合法，但应区分不同情形，分类处置，有的可以补办用地手续，有的可以暂时保留几年，当然，有的必须拆除或没收。所以，一定要学习研究相关政策文件。
历史上形成的违法用地，如果按现状地类，在二调、三调以及年度变更调查中，绝大多数都被调查认定为建设用地（个别可能还是农用地），对这种无合法来源的建设用地如何认定，按照目前政策规定，主要两种情形：
一是追溯建设前的原地类。无论建设用地报批，还是执法，都应追溯地类。但在执法中，对三调时的无合法来源建设用地，一般只追溯到二调（2018年度变更调查数据库地类），如果二调也是建设用地，就按建设用地认定地类，如果二调是耕地，就按耕地认定地类。
二是直接按建设用地认定地类。对二调和三调都是建设用地，但无合法来源，可以直接按建设管理认定和管理的，目前国家层面只规定了三种情形：（1）集体经营性建设用地入市试点地区；（2）低效用地再开发试点地区；（3）超大特大城市以及城区人口300万以上的城中村改造项目。但广西、河南、云南等地已发文明确，可以直接按建设用地认定和管理。
为违法用地补办用地手续，地类认定是关键，如果认定为耕地及其他农用的，需要办理农用地转用手续，一般要求先处罚到位，还涉及新增指标和落实耕地占补平衡；如果认定为建设用地，有的可以直接确权登记，这要看国家层面和各地具体政策规定。
补办用地手续，有一个重要前提条件，就是必须符合国土空间规划。对农村地区来说，就是要纳入规划的村庄建设用地边界内。
目前，乡镇国土空间规划有的地方已完成编制和审批，有的地方还正在编制之中，村庄规划属于详细规划，对村庄规划的要求是根据实际情况，可以编也可以不编，如果不编，对规划的有关要求要体现在乡镇国土空间规划“通则式”规定中。
对正在编制乡镇国土空间规划的，一定要充分考虑的历史遗留用地问题，尤其是已摸底排查的农村乱占耕地建房存量问题（2013年至2020年7月）。对可以保留的应首先纳入规划，否则直接影响后期补办用地手续；对已审批的乡镇国土空间规划，可以通过调规的方式将保留的历史遗留用地问题纳入规划。
2020年7月22日，自然资源部办公厅关于印发的《宅基地和集体建设用地使用权确权登记工作问答》（自然资办函〔2020〕1344号）提出：《国土资源部关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》（国土资发〔2016〕191号）规定，对于没有权属来源材料的集体建设用地，应当查明土地历史使用情况和现状，认定属于合法使用，经所在农民集体经济组织或村民委员会同意，并公告30天无异议或者异议不成立的，经乡（镇）人民政府审核，报县级人民政府批准，予以确权登记。
2025年7月，河北省自然资源厅、省发改委、省农业农村厅印发的《保障和规范农村一二三产业融合发展用地实施细则》（冀自然资字〔2025〕25号）提出：对于没有权属来源材料的乡镇企业、公益事业和公共设施用地等集体建设用地，由县级自然资源主管部门组织村委会等查明土地历史使用情况和现状，可以认定属于合法使用的，经所在农村集体经济组织同意，公告30天无异议，经乡（镇）人民政府审核，报县级人民政府批准，确定集体建设用地使用权。
自然资源部印发的《关于加快宅基地和集体建设用地使用权确权登记工作的通知》（自然资发〔2020〕84号）规定：
对合法宅基地上房屋没有符合规划或建设相关材料的，地方已出台相关规定，按其规定办理。未出台相关规定，位于原城市、镇规划区内的，出具规划意见后办理登记。
位于原城市、镇规划区外且在《城乡规划法》实施前建设的，在办理登记时可不提交符合规划或建设的相关材料；位于原城市、镇规划区外且在《城乡规划法》实施后建设的，由集体经济组织或者村民委员会公告15天无异议或者异议不成立，经乡（镇）人民政府审核后，按照审核结果办理登记。
2022年8月2日，自然资源部印发《关于积极做好用地用海要素保障的通知》提出：建设项目使用城镇低效用地的，可以继续按照《关于深入推进城镇低效用地再开发的指导意见（试行）》（国土资发〔2016〕147号）有关规定执行。这个文件提出：
用地行为发生在1986年12月31日之前的：由市、县人民政府土地行政部门出具符合土地利用总体规划的审核意见书，依照原国家土地管理局发布的《确定土地所有权和使用权的若干规定》进行确权后，由市县人民政府办理土地确权登记发证手续。
用地行为发生在1987年1月1日至1998年12月31日之间的：符合土地利用总体规划，已与农村集体经济组织或农户签订征地协议并已落实，且未因征地补偿安置等问题引发纠纷、迄今被征地农民无不同意见的，依照1988年修正的《土地管理法》有关规定，落实处理(处罚)措施后按土地现状办理征收手续。
用地行为发生在1999年1月1日至2009年12月31日之间的：符合土地利用总体规划，已与农村集体经济组织或农户签订征地协议并已落实，且未因征地补偿安置等问题引发纠纷、迄今被征地农民无不同意见的，按照1998年修订的《土地管理法》有关规定，缴纳耕地开垦费和新增建设用地土地有偿使用费，落实处理(处罚)措施后办理土地转用征收手续。
原国土资源部印发的《关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》（国土资发〔2016〕191号）提出：
1987年《土地管理法》实施前：使用集体土地兴办乡（镇）村公益事业和公共设施，经所在乡（镇）人民政府审核后，可依法确定使用单位集体建设用地使用权。乡镇企业用地和其他经依法批准用于非住宅建设的集体土地，至今仍继续使用的，经所在农民集体同意，报乡（镇）人民政府审核后，依法确定使用单位集体建设用地使用权。
1987年《土地管理法》实施后：乡（镇）村公益事业和公共设施用地、乡镇企业用地和其他经依法批准用于非住宅建设的集体土地，应当依据县级以上人民政府批准文件，确定使用单位集体建设用地使用权。
原国土资源部印发的《关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》（国土资发〔2016〕191号）提出：
1982年《村镇建房用地管理条例》实施前：农民集体经济组织成员建房占用的宅基地，范围在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大的，无论是否超过其后当地规定面积标准，均按实际使用面积予以确权登记。
1982年《村镇建房用地管理条例》实施起至1987年《土地管理法》实施时止：农民集体经济组织成员建房占用的宅基地，超过当地规定面积标准的，超过面积按国家和地方有关规定处理的结果予以确权登记。
1987年《土地管理法》实施后：农民集体经济组织成员建房占用的宅基地，超过批准面积建设的，不予确权登记。符合规划经依法处理予以保留的，在补办相关用地手续后，只登记批准部分，超出部分在登记簿和证书中注记。
历史上接受转让、赠与房屋占用的宅基地超过当地规定面积标准的：按照转让、赠与行为发生时对宅基地超面积标准的政策规定，予以确权登记。
原国土资源部印发的《关于进一步加快宅基地和集体建设用地确权登记发证有关问题的通知》（国土资发〔2016〕191号）提出：非本农民集体成员因扶贫搬迁、地质灾害防治、新农村建设、移民安置等按照政府统一规划和批准使用宅基地的，在退出原宅基地并注销登记后，依法确定新建房屋占用的宅基地使用权。
对多年累积形成的大量违法用地，整改难度非常大，主要还是：正常途径太难办，胆大敢建占便宜，曾可确权也不用，现在拆除都犯难，补办手续是条路，规划成为前置关。
来源：自然微论坛
